वैदेशिक व्यापारमा नेपालले अफगानिस्तानसँग पनि घाटा व्यहोरेको छ। चालू आर्थिक वर्ष २०७७/७८ को नौ महिनाको तथ्यांकअनुसार नेपालले ६१ लाख रुपैयाँ घाटा ब्यहोरेको हो। यस अवधिमा अफगानिस्तानबाट ६१ लाख १६ हजार रुपैयाँको आयात भएको छ। यस्तै नेपालबाट १२ हजार रुपैयाँको मात्रै निर्यात भएको छ।